Boquerón (pengucapan bahasa Spanyol: [bokeˈɾon]) merupakan sebuah departemen di Paraguay. Luas wilayah Departemen Boquerón adalah 91.669 km2. Pada tahun 2002, populasi penduduk di Departemen Boquerón sebanyak 45.617 jiwa. Ibu kota Departemen Boquerón ialah Filadelfia.