استمدت فطناسة اسمها من القبيلة التي تحمل نفس الاسم والتي وجدت في العصور الإسلامية الأولى. كما توجد نفس التسمية في مناطق أخرى بالبلاد التونسية.
تاريخيا، تقع قرية فطناسة قرب عين تاورغى التي ذكرها أبو عبيد البكري في المسالك والممالك. إلا أنه لم يذكر فطناسة وإنما بلدة بشري المجاورة لها والتي كانت إحدى عاصمتي نفزاوة.