Damals wie heute stellten die Katholiken in Berlin eine Minderheit dar. Schon im Jahre 1907 erwarb Graf von Galen das Grundstück am Anhalter Bahnhof. Für den Kauf ließ er sich seinen Erbanteil auszahlen. 45.000 Mark (kaufkraftbereinigt in heutiger Währung: rund 325.000 Euro) stellte er für den Bau eines Gesellenhauses mit Wohnraum für 200 bis 400 Personen zur Verfügung. Der verbleibende Rest wurde für den Bau der Kirche St. Clemens verwendet.
Der spätere Bischof von Münster war neben seiner Tätigkeit als Kaplan in der Pfarrei St. Matthias (Berlin) dann auch Kurat für die 3000 Katholiken des Seelsorgebezirks St. Clemens.
Architektonisch ist die Clemenskirche eine für das Berlin der damaligen Zeit typische Hinterhofkirche. Sie ist von der Straße nicht einsehbar und wird vom Vorderhaus verdeckt. Sie ist eine dreischiffige Basilika mit holzgeschnitzten Türen und Orgel. Neoromanische Rundbogenelemente zeugen von einer neuen Schlichtheit und Sachlichkeit. Vorne am Altar dominiert neben dem Tabernakel ein riesiges Wandbild, das Christus als den Guten Hirten darstellt.
Im Jahr 2007 wurde das Zentrum aufgrund finanzieller Schwierigkeiten der Erzdiözese Berlin für 2,5 Millionen Euro an zwei britische Finanzinvestoren verkauft. Mit dem Verkaufserlös sollte die Bischofskirche St. Hedwig am Bebelplatz renoviert werden. Neuer Miteigentümer wurde ein türkischstämmiger Berliner Geschäftsmann muslimischen Glaubens. Seine Firma entwickelte das Konzept eines Kulturzentrums der St.-Clemens-Höfe, die in den umfangreichen Gebäudekomplex einziehen sollten. Die Kirche wurde in der ein halbes Jahr dauernden Planungsphase nicht entwidmet. Es war aber auch nicht daran gedacht, die Kirche in eine Moschee umzuwandeln.
Inzwischen hat der Förderverein St. Clemens den Komplex von den Finanzinvestoren zurückgemietet; es besteht die Möglichkeit, die Immobilie zurückzukaufen. Die Kosten für Miete und Unterhalt betrugen im Jahr 2008 50.000 Euro.[1]
Förderverein und indische Vinzentinerpatres betreuen das nun so genannte „Exerzitienzentrum der Göttlichen Barmherzigkeit“.[2] Der Schwerpunkt liegt auf Vertiefung des Glaubens, Neuevangelisation, Sakramentenspendung, Ewiger Anbetung und Exerzitien. Die Kirche St. Clemens steht täglich rund um die Uhr den Berliner Christen und ihren Gästen zum Gebet offen. Es finden täglich zwei heilige Messen statt, Beichtgelegenheiten wird von 9 bis 12 Uhr und von 15 bis 18 Uhr angeboten, und es gibt ein spezielles Programm für Jugendliche.[3]
Vom 23. bis 27. Juni 2010 fand in der St.-Clemens-Kirche die 1. Berliner Bibeltagung statt; diese Tagungen werden alljährlich fortgesetzt.