Der FC Groningen wurde am 16. Juni 1971 gegründet und ging aus der ausgelagerten Profifußballabteilung des GVAV (Groninger Voetbal en Atletiek Vereniging) hervor. Der Verein startete in der Ehrendivision, musste aber drei Jahre später in die Eerste Divisie absteigen. 1980 wurden die Groninger Meister der Eersten Divisie und stiegen wieder auf. In der Saison 1983/84 wurde im Oosterpark das erste Mal europäisch gespielt. Im UEFA-Cup wurde zunächst Atlético Madrid besiegt, bevor man sich in der zweiten Runde Inter Mailand geschlagen geben musste. Insgesamt wurden 24 Partien im europäischen Wettbewerb gespielt. Als die spielerisch beste Zeit des FC Groningen gilt die Saison 1990/91, in der man bis vier Spieltage vor Saisonende noch um den Titel des Landesmeisters spielte. Letztlich hat es nur für einen dritten Platz gereicht.
Im Anschluss kam es zum langsamen sportlichen Verfall. In der Saison 1997/98 stieg der FC Groningen nach 18 Jahren Ehrendivision in die Eerste Division ab. Während man im ersten Zweitliga-Jahr noch Sparta Rotterdam den Vortritt lassen musste, gelang im Jahr 2000 der Wiederaufstieg. In den Saisons 2006/07 sowie 2007/08 konnte man sich wieder für den UEFA-Cup qualifizieren.
Am 3. Mai 2015 feierte der FC Groningen den ersten Erfolg seiner Vereinsgeschichte, als man durch einen 2:0-Sieg gegen Titelverteidiger PEC Zwolle den Niederländischen Fußballpokal gewann. Am 27. Juni 2020 gab der Verein bekannt, dass Arjen Robben zur Saison 2020/21 zu seinem Jugendverein zurückkehren wird.[1] Am 31. Spieltag der Eredivisie 2022/23 stieg der FC Groningen in die Eerste Divisie ab.
Bereits im Dezember 2021 beschloss der Verein, den zum Saisonende 2021/22 auslaufenden Vertrag mit Trainer Buijs nach vier Jahren nicht zu verlängern.[3]