Von 1968 bis 1972 war Knepper Mitglied des Thad Jones/Mel Lewis Orchestra und trat mit dem Lee-Konitz-Nonett auf. 1977 wirkte er beim Geburtstags-Konzert von Gil Evans mit (Priestess) und arbeitete letztmals mit Charles Mingus (Cumbia & Jazz Fusion). Seit Anfang der 1980er Jahre arbeitete er auch regelmäßig als musikalischer Leiter mit der Mingus Dynasty, die das Repertoire von Mingus pflegte, bis eine Parkinson-Erkrankung seine musikalische Karriere beendete.
Jimmy Knepper war auch wesentlich an der Herausgabe der Komplett-Sammlung der Charlie-Parker-Transcriptions von Dean Benedetti auf Mosaic Records im Jahr 1990 beteiligt.
↑Die (um Aufnahmen aus dem Jahr 1979 aus dem Tell Me...-Album) erweiterte Neuausgabe mit den Liner Notes von Brian Priestley erschien unter dem Titel Muted Joys auf dem Affinity-Label (AFF756).