Die Universität wurde 1973 gegründet. Die schon länger bestehenden Pläne zur Gründung einer Universität auf Kreta waren in den 1960er Jahren in eine entscheidende Phase getreten. Erbittert stritten die größeren kretischen Städte um den Sitz der Universität. Der aus Rethymno stammende General Stylianos Pattakos, ab 1967 als Innenminister lange Zeit „zweiter Mann“ des griechischen Militärregimes, erreichte, dass der Sitz zunächst seiner Heimatstadt zugesprochen wurde. Diese Entscheidung wurde nach dem Zusammenbruch der Juntaherrschaft 1974 wieder in Frage gestellt. Ministerpräsident Konstantinos Karamanlis löste den Streit durch einen Kompromiss: Iraklio erhielt die medizinisch-naturwissenschaftlichen und Rethymno die geisteswissenschaftlichen Fakultäten der Universität Kreta, Chania wurde Sitz der staatlichen Technischen Universität Kreta (griechischΠολυτεχνίο Κρήτης, „Polytechnikum“).
Fakultäten
Die Universität ist neben der Technischen Universität Kreta die einzige Universität auf der Insel und bietet an fünf Fakultäten (griechischσχολές, „Schulen“) insgesamt 20 Studienfächer an.