Der Enkel des Sir Thomas Throckmorton of Coughton studierte in Oxford, wo er mit dem Baccalaureat abschloss und in Cambridge, wo er 1505 seinen Magister erwarb. Hier trat er auch dem Orden der Franziskanerobservanten bei.
Papst Paul IV. erhob ihn am 14. Juni 1557 zum Kardinalpriester, ohne ihm jedoch eine Titelkirche zuzuweisen. Stattdessen ernannte er ihn zum Legatena latere für England, was bis dahin Kardinal Reginald Pole war.
Er starb im April 1558 in London und wurde im Franziskanerkonvent in Greenwich beigesetzt.