Su labor docente se extendió con la fundación de Cursos de Verano en la Universidad Complutense (1988) y la Universidad de Almería (1990), así como la fundación del Instituto de Historia de la Intolerancia en la UNED o el Instituto de Historia de la Inquisición.
Como escritor y editor de obras sobre historia ha sido galardonado con diversos premios, como el Premio Nacional de Literatura Menéndez Pelayo, antecesor del actual Premio Nacional de Historia de España en dos ocasiones (1969 y 1979).
Escudero también ejerció como Senador por Huesca[4] en la UCD en la Primera Legislatura democrática en España después del franquismo, así como eurodiputado a partir de 1987 por el CDS, de cuyo primer Comité Nacional formó parte; permaneció en la Eurocámara hasta 1999 como eurodiputado del grupo Popular en el que se había integrado tras la crisis del CDS.
José Antonio Escudero ganó en 2009 el Premio Nacional de Historia que concede el Ministerio de Cultura con un enfoque académico y riguroso y una valoración independiente y objetiva de la institución monárquica basándose siempre en los documentos disponibles y en el saber jurídico e historiográfico acumulado por más de treinta profesores y catedráticos que han contribuido para crear la obra El Rey. Historia de la Monarquía.
En mayo del 2010 se le volvió a otorgar el nombramiento de Doctor Honoris Causa.
En julio de 2010 dirigió el curso de verano de la Universidad de Zaragoza titulado Aragón en la Monarquía Hispánica dentro de una serie de congresos organizados junto a la DGA.