El club echó a andar, así, en la Segunda División B de España 2009-10, en cuyo grupo III quedó encuadrado. Realizó una buena temporada al quedar noveno en la clasificación. En las temporadas 2010-11 y 2011-12 se quedó a muy poco de disputar la promoción de ascenso a Segunda División, después de quedar en la sexta y en la quinta plaza respectivamente.
Primeras promociones de ascenso (2012-2019)
Tras dos malas temporadas 2012-13 y 2013-14 en las que el equipo se movió por la parte baja de la tabla, finalmente el 10 de mayo de 2015 la U.D. Logroñés consiguió la ansiada clasificación al play-off de ascenso con una victoria sobre el Club Deportivo Lealtad por 2-1 en el Estadio Las Gaunas. Dicha fase de ascenso acabó a las primeras de cambio ante el Huracán de Valencia, en una eliminatoria llena de polémica por varias decisiones arbitrales más que dudosas que perjudicaron al conjunto riojano.
El 17 de abril de 2016, tras empatar a cero ante el Burgos Club de Fútbol, la U. D. Logroñés se clasificó por segunda vez en su historia para la Promoción de ascenso a Segunda División a falta de cuatro jornadas. Superó en la primera ronda al Villarreal B (0-0 en la ida y 1-1 en la vuelta, imponiéndose gracias al valor doble de los goles de visitante), pero cayó en la segunda (0-1 en la ida y 0-0 en la vuelta) frente al Sevilla Atlético Club, que terminó ascendiendo.
En la temporada 2018-19 quedó segundo clasificado, detrás del Racing de Santander, y consiguió, así, el play off. En la primera eliminatoria derrotó al C. D. Badajoz (0-1 en la ida y 3-3 en un apasionante partido de vuelta), pero no logró superar las semifinales y cayó contra el Hércules de Alicante C. F. (3-1 en la ida y 0-0 en la vuelta).
La temporada 2020-21 estuvo marcada por jugar todos los encuentros a puerta cerrada debido a las restricciones sanitarias por la covid-19. La U. D. Logroñés tuvo un buen comienzo y algunos medios lo trataron como el equipo revelación tras una racha de seis victorias consecutivas en la jornada 14.[5] El equipo se situaba a solo un puesto del play off de ascenso a Primera División y con los mismos puntos que el Rayo Vallecano, que lo ocupaba. Después de esta racha el equipo entró en una dinámica negativa y acabó la temporada vigésimo, por lo que descendió a Primera División RFEF.[6]
Primera Federación (2021-2023)
Tras el descenso, el objetivo del club era la vuelta inmediata al fútbol profesional. La primera temporada, la 2021-22, consiguieron jugar la promoción de ascenso, donde fue eliminado en semifinales por el Villarreal C. F. "B".[7]
La temporada 2022-23 fue desastrosa, y con un equipo diseñado para el ascenso, no funcionó en ningún momento de la temporada. Se certificó su descenso a Segunda Federación a falta de tres jornadas para terminar la liga.[8]La única alegría de la temporada vino del concurso en la Copa del Rey, donde la UDL alcanzó los dieciseisavos de final tras conseguir pasar dos rondas. En esta tercera ronda cayó contra la Real Sociedad, de Primera División, por 0-1 en un Estadio de Las Gaunas completamente abarrotado.[9]
El club se inscribió en la Copa Federación y de aquí vinieron las primeras alegrías de la temporada. El equipo consiguió ganar la fase regional de la competición, ganándose un puesto para la fase nacional. En esta fase alcanzó las semifinales, clasificándose así para la Copa del Rey por novena temporada consecutiva,[10]donde cayó contra el Valencia C. F., de Primera División, por 0-2.[11]
En la liga, pronto se encuadró en la parte alta de la clasificación, aunque nunca llegó a pugnar por el primer puesto que daba el ascenso directo de categoría. Acabó en 3er lugar, lo que le dio acceso al playoff de ascenso. Tras eliminar al C. D. Guijuelo en semifinales, cayó en la final ante el Marbella F. C.[12] en un estadio de Las Gaunas que rozó el lleno absoluto.[13]
Uniforme
Uniforme titular: Camiseta blanquirroja, pantalón negro y medias negras.
Uniforme alternativo: Camiseta color vino con la bandera de La Rioja, pantalón blanco y medias vino.
Tercer uniforme : Camiseta color azul, pantalón azul y medias negras.
Se inauguró el 28 de febrero de 2002 con un partido amistoso entre el C. D. Logroñés y el Deportivo Alavés. Tiene capacidad para 15.952 espectadores y las dimensiones del terreno de juego son de 104 × 66 metros. Los asientos son de color blanco y rojo y forman la inscripción Gaunas.
El antiguo estadio, que también se llamaba Las Gaunas, era muy conocido en los años 90 por la expresión «HAY GOL EN LAS GAUNAS».
Ciudad deportiva
Es el primer equipo en la historia del fútbol de La Rioja en tener una Ciudad Deportiva propia, la cual empezó a construirse en febrero de 2022 y fue estrenada el 17 de marzo de 2023.[14] Se ubica en el barrio residencial de Valdegastea, a las afueras de la ciudad. Unos 7 millones de euros fueron invertidos en su construcción.[15]
Estas instalaciones constan de tres campos de fútbol, dos de hierba artificial y uno de hierba natural. Además cuenta con otras comodidades como gimnasio, sala de prensa, oficinas, tienda oficial o bar. Su uso está destinado a los entrenamientos de los diversos equipos del club y a la disputa de partidos de los equipos de categorías inferiores.
La U. D. Logroñés guarda algunas de las rivalidades históricas que ya tenía su antecesor, como por ejemplo contra el Osasuna. También tiene nuevas como con la Sociedad Deportiva Logroñés, el otro equipo de la ciudad, que milita en superior categoría.
Palmarés
Nota: en negrita competiciones vigentes en la actualidad.
La Unión Deportiva Logroñés cuenta con un equipo en categoría Juvenil División de Honor, un equipo en Juvenil Nacional, un equipo en Juvenil Territorial, un equipo en la categoría cadete y uno en infantil.