De 1940 à 1943, il travaille dans le temple de Karnak-Nord avec l'architecte Clément Robichon. Ils rencontrent René Adolphe Schwaller de Lubicz. Ensemble, ils fondent en 1943, le « Groupe de Louxor ». En 1946, ce groupe publie Dissertation sur une stèle pharaonique[4],[5], un décryptage philologique et ésotérique en marge de l'égyptologie officielle.
Alexandre Varille et Clément Robichon publient un album de photographies intitulé En Égypte. Une version anglaise de l'ouvrage sous le titre Eternal Egypt, traduite par Laetitia Gifford, parait en 1955 à New-York.
En 1944, Varille est engagé comme expert par le Service des Antiquités, il continue ses recherches avec le « Groupe de Louxor » auquel viendront se joindre Alexandre Stoppelaëre, et l'archéologue belge Arpag Mekhitarian. Alexandre Varille se passionne pour Amenhotep fils de Hapou, il lui consacre une première étude co-écrite avec Clément Robichon, et publiée en 1936 par l'IFAO : Le Temple du Scribe Royal Amenhotep, fils de Hapou, puis une thèse universitaire qui est publiée de manière posthume Inscriptions concernant l'architecte Amenhotep, fils de Hapou (1960)[6].
Victor Loret, dont Alexandre Varille avait été l'élève et l'ami à Lyon, lui lègue ses archives. Quelques années plus tard, en pleine « Querelle des égyptologues » (entre historiens et symbolistes), attaqué dans la presse entre autres par l'abbé Drioton, mais soutenu dans le Figaro par Jean Cocteau et André Rousseaux, Alexandre Varille présente sans succès sa thèse controversée sur l'école de la symbolique égyptienne à l'Institut de France.
Le roi Farouk lui confie la responsabilité des fouilles archéologiques en Haute-Égypte.
Alexandre Varille meurt, à 42 ans, dans un accident de voiture, le , à Joigny en Bourgogne.
En , les archives Varille sont vendues à Ars Libris, à Boston. L'université de Milan les acquiert en pour 225 000 euros.
Sociétés savantes
Société littéraire, historique et archéologique de Lyon, membre de 1941 à 1951[7].
Académie des sciences, belles-lettres et arts de Lyon, membre correspondant[7].
Marcel Jacquemin. Alexandre Varille, un précurseur au bord du Nil. Editorial par Emmanuel Dufour-Kowalski in Revue [d'égyptologie] Kyphi, n°2, Lyon, 1999.