En 1890, après la mort de Fitzenhagen, Tchaïkovski propose Brandoukov comme professeur de violoncelle au Conservatoire de Moscou, mais le directeur Vassili Safonov refuse sa candidature, le jugeant trop jeune pour ce poste.
Brandoukov revient en Russie en 1906 et devient directeur du Collège musical de la Société musicale. Après la Révolution d’Octobre, il reste en Russie et continue à se produire en concert et à enseigner. En 1921, il est nommé professeur au Conservatoire, poste qu'il garde jusqu’à sa mort.
Brandoukov passe pour l’un des meilleurs violoncellistes de son temps et l’un des fondateurs de l’école moderne russe de violoncelle. Certaines œuvres lui sont dédiées, notamment Pezzo capriccioso de Tchaïkovski et la Sonate de Sergueï Rachmaninov. Il a composé quelques morceaux, mais la plupart de ses manuscrits sont perdus.