Benjamín Noval commence sa carrière professionnelle en 2001 chez Relax-Fuenlabrada. En 2002, il termine 9e du Tour de Catalogne, et en remporte le classement par points. Il se classe ensuite cinquième et sixième aux championnats d'Espagne lors du contre-la-montre et de la course en ligne. En septembre, il participe au Tour d'Espagne, qu'il abandonne après la 4e étape. En 2003, il est 11e du Tour du Pays basque, 6e du Tour de Catalogne, 4e du championnat d'Espagne du contre-la-montre et 3e de la course en ligne. Il termine son deuxième Tour d'Espagne à la 45e place.
À la disparition de l'équipe Discovery Channel, il s'engage avec l'équipe Astana, en compagnie de plusieurs coureurs de Discovery Channel, dont Alberto Contador, et de membres de l'encadrement de celle-ci, dont le manager Johan Bruyneel. Astana n'est pas retenue pour le Tour de France en raison des cas de dopage parmi ses coureurs en 2007. Elle se voit également refuser une invitation au Tour d'Italie, puis y est conviée une semaine avant le départ. Appelé pour y participer aux côtés de Contador en remplacement de Dmitriy Muravyev, Benjamin Noval, malade, est remplacé par Steve Morabito[3],[4]. Durant l'été, il participe au Tour d'Espagne, que remporte Contador. En 2009, bien que Contador souhaite sa présence à ses côtés lors du Tour de France, Johan Bruyneel, qui fait face à d'autres souhaits de Lance Armstrong, lui préfère Grégory Rast[5].
Blessé à l'index gauche par un photographe lors de la quatrième étape du Tour de France 2013[8], Noval est contraint à l'abandon quelques jours plus tard lors de la neuvième étape. En fin de saison, il annonce la fin de sa carrière professionnelle[9].