Secrétaire de l’École américaine (1912-1920), qu'il dirige en 1926-1927 et en 1948-1949, Carl Blegen enseigne à l'université de Cincinnati de 1927 à sa retraite en 1957 comme professeur d'archéologie classique. De 1949 à 1971, il assure les cours d'archéologie de l’École américaine ainsi qu'au musée national archéologique d'Athènes.
Travaux
Carl Blegen fait de nombreuses fouilles en Grèce : Phlionte (1925), Némée et Agiorgítika (avec George Mylonas) (1925-1928), Prósymna (1925-1928) et, en 1932, soutenu par l'université de Cincinnati, reprend les fouilles de Troie après Heinrich Schliemann et Wilhelm Dörpfeld et en poursuit l'exploration jusqu'en 1938. Il rattache la destruction de Troie VI à un tremblement de terre et identifie la cité homérique avec Troie VII, qu'il date vers 1300-1260.
Directeur avec Konstantínos Kourouniótis du service archéologique grec (1939-1967), il fouille le palais de Nestor à Pýlos en 1939 et découvre les premières tablettes en linéaire B trouvées en Grèce. Après la mise au jour de cinq tombes à Tholos avant la Seconde Guerre mondiale qui confirment l'importance du lieu, ses travaux, qui continuent de 1952 à 1964, confirment l'existence d'un très vaste palais mycénien. La plupart des vestiges archéologiques qu'il a découverts sont conservés au musée archéologique de Chóra, près de Pylos, ainsi qu'au musée national archéologique d'Athènes.