Formé à Millfield et au St Peter's College d'Oxford, il obtient son doctorat en écologie communautaire à l'Imperial College de Londres en 1983. Il reste à l'Impériale en tant que post-doctorant jusqu'en 1985, date à laquelle il retourne à Oxford en tant que démonstrateur. En 1987, il retourne à l'Imperial en tant que chargé de cours jusqu'en 2006, date à laquelle il retourne de nouveau à Oxford, en tant que membre du Jesus College et professeur Hope de zoologie.
Son article de recherche le plus cité, publié dans Science, étudie comment relever le défi de nourrir une population mondiale croissante [3]. À ce jour, ses recherches sont citées plus de 40 000 fois [4].
En étudiant le problème du paludisme, Godfray et ses collègues présentent des données suggérant que l'utilisation de moustiques sans sperme pourrait être un moyen réalisable de contrôler la maladie [5].
Depuis février 2018, il est directeur de l'Oxford Martin School et professeur de biologie des populations à l'Université d'Oxford.