Au début de la saison 2005-2006, il fait partie de l'effectif des Ducks mais finalement ceux-ci le mettent en ballotage et il est récupéré par les Thrashers d'Atlanta. Il ne joue que deux matchs avec Atlanta avant d'être mis une seconde fois en ballotage à quinze jours d'intervalle. Il est récupéré par les Ducks avec qu'il joue 67 matchs dans la saison.
Il a remporté la Coupe Stanley avec l'équipe 2006-2007 des Ducks. Malgré une blessure contractée au cours des séries contre les Red Wings de Détroit, il aide son équipe à remporter le titre contre les Sénateurs d'Ottawa. En août 2007, il signe une prolongation de contrat pour quatre ans avec les Ducks[3].
Il se marie au cours de l'été 2008 avec Maureen[4] Il commence la saison 2008-2009 avec les Ducks. Le , il est échangé aux Penguins de Pittsburgh en compagnie de Eric Tangradi contre Ryan Whitney[5]. Le 15 avril, premier jour des séries éliminatoires, le couple Kunitz a un enfant qu'ils nomment Zachary. À l'issue des séries avec l'équipe des Penguins il est sacré champion de la Coupe Stanley après avoir battu les Red Wings de Détroit en sept rencontres[6].