En , Suidger est élu pape au cours du synode de Sutri réuni par Henri III et qui avait invalidé l'élection de Grégoire VI, de Benoît IX et de Sylvestre III. Clément II prend des mesures pour lutter contre la simonie et la corruption dont ses prédécesseurs Benoît IX et Sylvestre III avaient été accusés. Le jour de son sacre, il couronne Henri III, puis le suit dans le Bénévent, et en excommunie les habitants qui avaient refusé d'accueillir l'empereur. Il canonise la première femme Wiborada en 1047.
Il abdique quelque temps avant sa mort en 1047. Son inhumation se fera à Bamberg, endroit où il avait été nommé par le Roi des Romains, Henri III, puis consacré évêque, en 1040.
Enquête sur les circonstances de sa mort
En 1942, la tombe de Clément II est ouverte pour au moins la troisième fois ; on en retire les vêtements du pape qui sont restaurés et remis au trésor de la cathédrale. Depuis l'ouverture du musée diocésain de Bamberg(de), ces vêtements figurent parmi les pièces les plus précieuses de cette collection. Comme la tradition voulait que le pape eût été victime d'une tentative d'assassinat par empoisonnement, à l'incitation peut-être de Benoît IX qui souhaitait reprendre la chaire de saint Pierre, ses ossements sont soumis à un examen toxicologique. On constate une concentration anormalement élevée de plomb dans les os. Cependant, les résultats correspondent à une lente accumulation et non à un empoisonnement aigu par des sels de plomb[1]. Le sucre de plomb étant au Moyen Âge une substance très utilisée pour adoucir le vin[2], il est impossible de savoir s'il s'agit d'un empoisonnement intentionnel. Après la mort de Clément II, Benoît IX redevient cependant pape pour la troisième fois.
↑Specht, Fischer, Katte, Berg, « Vergiftungsnachweis an den Resten einer 900 Jahre alten Leiche (Papst Clemens II.) », Archiv für Kriminal-Anthropologie und Kriminalistik, no 124, 1959 (ISSN0003-9225), p. 61.