Si les villes de Besançon ou de Belfort ne produisent aucune spécialité gastronomique, le Territoire de Belfort (historiquement rattaché à l'Alsace jusqu’à la guerre franco-allemande de 1870, et dont une partie importante de la population est d'origine alsacienne) cuisine des recettes aussi bien typiquement comtoises que typiquement de cuisine alsacienne, dont la choucroute d'Alsace par exemple, bien que le chou soit souvent remplacé par des raves salées, et la charcuterie alsacienne par de la charcuterie comtoise[5]...
Cuniu (brioche aux fruits secs, spécialité du canton de Giromagny, dont l'origine serait alsacienne)
Toutché (Montbéliard et Belfort : le toutché ou totché de poirottes est un gâteau aux pommes de terre)
Jeanbonhommes : petites brioches en forme de bonhomme, identiques au Mannala alsacien, on ne les trouve guère que dans le Territoire de Belfort où elles sont associées à l'Avent, et donc fabriquées seulement de la Saint-Nicolas à Noël, du moins en théorie.
La plupart de ces desserts ne sont connus que très localement. Les pâtes de coing par exemple sont vendues dans toutes les pâtisseries de Baume-les-Dames, mais sont pratiquement inconnues dans le reste de la Franche-Comté. De même, les jeanbonhommes ne sont connus que dans le Nord de la région, où ils ont probablement été apportés pas les nombreux Alsaciens venus s'installer là après l'annexion de l'Alsace en 1871.
Vins, liqueurs et alcools produits en Franche-Comté
Les meilleurs recettes de Franche-Comté, par Marc Faivre, éditions Ouest France
Les meilleurs recettes des Chefs de Franche-Comté et de Suisse limitrophe, par David Bachoffer et Stéphane Antoni, photos Jean Becker, Éditions IG & AV et l’AME, avant propos de Jean-Paul Jeunet, préface d'Anne-Sophie Pic, (ISBN9782902031764)