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Dans le jeu, le joueur incarne un digidompteur et entame un voyage dans un monde digital pour découvrir, dompter, élever, entraîner et commander plus de 230 digimon uniques. À la différence des précédents opus du jeu, Digimon World DS débloque la suite de ses aventures une fois que tous les digimon ont été acquis. Le joueur a la possibilité de fonder une "digi-ferme" pour y élever, digivolver et communiquer avec ses Digimon. Connexion wi-fi incluse, les joueurs peuvent échanger, combattre et fusionner leurs digimon.
Nouveaux personnages
Digimon World DS marque la première apparition de bon nombre de digimon comme Gawappamon (la digivolution de Kamemon) de la saison de Digimon Data Squad. Le digi-boss final Chronomon y a aussi fait sa première apparition.
Le jeu inclus d'autres digimon spéciaux, DotAgumon et DotFalcomon. À priori, ils n'ont aucune caractéristique particulière.
Nouvelles lignes évolutives
Digimon World DS référence de nouvelles lignes de digivolutions.
Par exemple :
Justimon, digimon de niveau méga, apparu dans la saison Digimon Tamers, est ici l'évolution de Superstarmon et non de Cyberdramon comme beaucoup pourrait s'y attendre.
Angewomon se digivolve en MarineAngemon plutôt qu'en traditionnel Ophanimon ou Magnadramon.
Gekomon ne se digivolve pas en ShogunGekomon, car ShogunGekomon n'apparaît qu'en boss et non en digimon transformable. À la place, Gekomon se digivolve en Whamon.