Le 21 juin 1208 à Bamberg, lors du mariage entre son frère Othon et Béatrice II de Bourgogne, le roi et empereur élu Philippe de Souabe, oncle de la fiancée, est assassiné par son allié Othon VIII de Wittelsbach. La position de la maison d'Andechs sort considérablement affaiblie de cet épisode : le frère cadet d'Othon, Henri II, est accusé d'avoir participé à l'assassinat et tous ses biens lui sont confisquées par le duc Louis Ier de Bavière. Le château d'Andechs est entièrement rasé et les Andechs ne seront réhabilités que bien plus tard. Egbert est inclus dans la disgrâce et également dépouillé de ses biens et de ses titres, qu'il ne recouvrera qu'en 1211.
En 1237, il devient Statthalter de l'Autriche et de la Styrie.
Il est par ailleurs l'un des trois membres de la famille d'Andechs à l'origine de la construction de la cathédrale de Bamberg : Othon (évêque de 1177 à 1196), lui-même et Popon (évêque de 1237 à 1242).