Wentzler est recruté par Karl Brandt en 1939 pour planifier le programme « d'euthanasie » des enfants. Il gère ensuite avec Hans Heinze et Werner Catel la sélection des victimes au sein de la Commission du Reich pour l'enregistrement scientifique des souffrances héréditaires et congénitales graves[5]. Wentzler travaille également à la rédaction d'un projet de loi sur l'euthanasie.
Il est tenu pour peu probable qu'un « établissement pédiatrique spécialisé », c'est-à-dire un centre de mise à mort, ait existé au sein même de la clinique de Wentzler[6]. Des documents internes de la clinique attestent cependant de meurtres d'enfants handicapés commis sur place.
Après-guerre
Wentzler s'établit après-guerre à Hann. Münden et pratique comme pédiatre[7]. Il continue à gérer sa clinique pédiatrique berlinoise jusqu'en 1964. Une procédure judiciaire du tribunal de Hambourg le mettant en cause ainsi que 20 autres personnes impliquées dans le programme « d'euthanasie » est stoppée le . En dépit de meurtres d'enfants avérés, le tribunal estime alors qu'il manque de preuves pour établir l'illéicité des actes commis[8].
Publications
Die Entwicklung der Pneumothoraxtherapie in den letzten Jahren: Aus der Medizinischen Universitätsklinik Göttingen, Anklam, Göttingen 1920, thèse de médecine de 1919.
Rachitis-Verhütung: Gemeinverständl. Darst. d. Wesens, d. Verbreitung, Erkenng u. Verhütg d. "Englischen Krankheit" zum Verständnis d. v. d. Reichsgesundheitsführg angeordneten Maßnahmen, In: Schriftenreihe der Reichsgesundheitsführung. H. 1, Berlin, Vienne 1942.
Besser Vorbeugen - als Heilen!: Über Krankheitsverhütung im Säuglings- u. Kindesalter f. Eltern u. Erzieher. Quatre éditions entre 1933 et 1947.
Richtige Ernährung, gesunde Kinder. Réédité et corrigé depuis 1929, la dernière édition étant : Richtige Ernährung für Kinder vom Neugeborenen bis zum Schulkind: Mit Kochvorschriften u. krankheitsverhütenden Vorschlägen, Goldmann, Munich 1968.
Thomas Beddies, Heinz-Peter Schmiedebach: Der Pädiater Dr Ernst Wentzler und die Kinderklinik Frohnau. In: Berlin in Geschichte und Gegenwart, Jahrbuch des Landesarchivs Berlin, Berlin 2002, S. 137–157.
Klaus Pegler: Es geschah in Frohnau. Band 2, Alektor Verlag, Berlin 2006, (ISBN978-3-88425-085-3).
Götz Aly: Die Belasteten. „Euthanasie“ 1939-1945. Eine Gesellschaftsgeschichte. Fischer, Frankfurt/Main 2013 (ISBN978-3-10-000429-1)