Fondée en 1972 comme entité spéciale légale, elle est devenue une institution administrative indépendante le . Les activités de la fondation, dont le siège se trouve à Tokyo se répartissent en trois branches :
la promotion des arts et de la culture du Japon ;
la langue japonaise ;
les études japonaises et les échanges intellectuels.
La fondation du Japon a également vingt-deux bureaux dans vingt-et-un pays, dont cinq en Europe où elle assure le bon fonctionnement et la gestion de la maison de la culture du Japon à Paris :