Avec le fort de São João et le fort Tamandaré da Laje ils constituaient la principale structure défensive de la baie et de la ville et du port de Rio de Janeiro pendant la période du Brésil colonial et de l'empire du Brésil. Il est actuellement le siège de la 1re division d'artillerie. Il reçoit des visiteurs lors de visites guidées quotidiennes.
Le fort de Santa Cruz et l'ensemble des bâtiments situés derrière le portail adjacent au canal (superficie construite de 7 153 m2) ont été classés Patrimoine historique national depuis 1939.