En 1615 déjà, Frédéric-Ulrich entre en conflit avec la ville de Brunswick, peu disposée à le reconnaître comme son nouveau suzerain. au cours des prochaines années, son pays était régi par une clique toute puissante : entre 1616 et 1622, il est détrôné par sa mère Élisabeth de Danemark et son oncle, le roi Christian IV de Danemark, en raison de son penchant pour l'alcool. Le gouvernement est dirigé par le noble Anton von der Streithorst qui mène l'État à sa ruine en monnayant des pièces de monnaie en métal bon marché, entraînant l'inflation. En raison de la situation financière désastreuse de l'État, Christian IV rétablit son neveu à la tête du gouvernement. Avec l'aide de la noblesse, il parvient à redresser les finances.
En raison de l'indécision et de la faiblesse de Frédérick-Ulrich, le Brunswick est envahi lors de la guerre de Trente Ans par les forces catholiques de Tilly et Pappenheim, ainsi que par les forces protestantes de Christian IV et du roi Gustave Adolphe de Suède. Frédérick-Ulrich perd l'essentiel de ses possessions durant cette période.
Le , Frédéric-Ulrich épouse Anne-Sophie de Hohenzollern (1598-1659), fille de l'électeur Jean III Sigismond de Brandebourg. Ils n'ont pas d'enfant. Frédéric-Ulrich tente d'obtenir le divorce, mais meurt avant qu'il soit prononcé. Après sa mort, Anne-Sophie fonde l'école de « l'Anna-Sophianeum » à Schöningen.