En 1039, l'archevêque de Besançon, Hugues Ier de Salins, devient l'homme de confiance favori du nouvel empereur germanique, Henri III du Saint-Empire (neveu du précédent). L'empereur accorde alors une certaine autonomie franche et le droit de s'auto-administrer par son propre gouvernement au comté de Bourgogne. Hugues Ier est nommé chancelier et sera récompensé très largement pour sa totale et très dévouée collaboration et pour ses services de vassal à son suzerain. Henri III vient à Besançon en 1043 pour se fiancer avec Agnès de Poitiers, nièce du comte Renaud Ier de Bourgogne, et fille du duc Guillaume V d'Aquitaine. Pour cette occasion, l'archevêque Hugues obtient des droits régaliens sur la ville de Besançon (droits juridiques, politiques, fiscaux et économiques...) Il est nommé prince de l’empire germanique (rang maximum avant empereur) et règne en souverain sur la cité de même que ses successeurs avec l'empereur et le pape Grégoire VII pour seuls supérieurs. Il échappe au pouvoir des comtes de Bourgogne.
En 1078, le comteGuy II de Mâcon se fait moine à l'Abbaye de Cluny et cède son titre et ses terres à son cousin Guillaume Ier de Bourgogne. Guillaume Ier s’affirme comme le personnage le plus important du comté de Bourgogne. Il met la main sur le pouvoir ecclésiastique en 1085 après le décès des puissants archevêques de Besançon, Hugues Ier de Salins et Hugues II en y faisant ordonner ses fils Hugues III de Bourgognearchevêque et Guy de Bourgogne (futur Pape sous le nom de Calixte II) administrateur du diocèse de son frère.
Le () 1087, il meurt à Besançon à l'âge de 67 ans et est inhumé à la cathédrale Saint-Étienne, remplacée au XVIIIe siècle par la Cathédrale Saint-Jean, où furent transférées les sépultures des comtes de Bourgogne.