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À 19 ans, il commence le noviciat chez les jésuites, et intègre la Compagnie de Jésus. Il reçoit l'ordination sacerdotale en 1933. En 1935, il est envoyé au Japon sous la direction de Hugo Enomiya-Lassalle. Là, son intérêt se porte sur le bouddhisme zen auquel il consacrera sa vie de chercheur.
La première version de son Histoire du bouddhisme zen est publiée en 1956[1]. Très vite, ce travail devient un ouvrage de référence, reçu avec attention dans le monde entier par les spécialistes, et Dumoulin se voit sous les feux de la rampe de la scène académique[1].
Entre 1974 et 1984, il reprend et développe son Histoire du bouddhisme zen, doublant sa longueur[2]. L'ouvrage final est publié en 1985 en deux volumes (I, Inde et Chine; II, Japon). Bien que des recherches récentes conduisent en partie à d'autres interprétations et résultats, ce travail est encore souvent cité, et il est maintenant considéré comme le texte principal relatif à la réception du bouddhisme zen en Occident[3].
(en) The Development of Chinese Zen After the Sixth Patriarch in the Light of the MumonkaFreiburg i. Br. / München, n (1953, First Zen Institute of America(en))
(en) James Heisig, « Editor's Introduction (Biographie publiée à l'occasion du 80e anniversaire) », Japanese Journal of Religious Studies, vol. 12, nos 2-3, , p. 109-117 (lire en ligne, consulté le ).
(en) Jan Van Bragt, « In Memoriam: Heinrich Dumoulin (1905-1995) », Japanese Journal of Religious Studies, vol. 23, nos 3-4, , p. 459-461 (lire en ligne).