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Membre du bureau national du Mouvement jeunes communistes de France et, depuis 1964, du Parti communiste français, il est de 1971 à 1979 le secrétaire particulier de Georges Marchais, secrétaire général du parti. Il devient en 1983 le secrétaire de la fédération du Val-de-Marne du Parti communiste qui compte à l'époque 30 000 adhérents.
Membre de la commission des Affaires étrangères pendant trois législatures, il participe à de nombreuses négociations internationales et s’engage sur de nombreux sujets[1]. Il propose en 1998 la création d'une « Commission d'enquête sur la part des responsabilités françaises dans le génocide perpétré au Rwanda »[2]. Vice-président de ce qui fut, finalement, la Mission d'information parlementaire sur le Rwanda, il se trouva en désaccord avec les conclusions finales du rapport de la Mission et refusa d'en être coauteur[3].
En mémoire de la lutte contre le fascisme en Espagne, il a été coprésident fondateur de l’Association des amis des combattants en Espagne républicaine (Acer), avec José Fort et François Asensi. Grâce à ses prérogatives au sein de la commission des Affaires étrangères, il récupère une partie des archives des Brigades internationales déposées à Moscou[1].
Jean-Claude Lefort est à partir de 2007 président d'honneur d'Appui Rwanda, association de soutien aux rescapés du génocide des Tutsi au Rwanda en 1994[4]. En , il est élu président de l'Association France-Palestine Solidarité (AFPS), à l'issue du 2e congrès de ce mouvement. Il est le coordinateur du Comité national de soutien à Salah Hamouri, qui devient son gendre en 2014[1].
En , il met en garde les musulmans contre des produits israéliens, avertissement commenté dans la presse[5].Gilles-William Goldnadel dépose plainte contre lui au nom de l'association France-Israël[5]. Jean-Claude Lefort remporte le procès[6].
Le , Jean-Claude Lefort est décoré des insignes de chevalier de la Légion d'honneur par Cécile Rol-Tanguy, commandeur de la Légion d'honneur et médaille de la Résistance, en présence de l'ambassadeur palestinien en France, Hael Al Fahoum et de Pierre Gosnat.