Il a été membre de la Congrégation pour la cause des saints au Vatican, et qu'il co-présidé, à Rome, les cérémonies de canonisation des deux premiers saints du Québec : le pour la nouvelle sainte Marguerite d'Youville, ainsi que le pour le nouveau saint André Bessette[réf. nécessaire].
Il est nommé archevêque de Montréal le , à la suite de la démission du cardinal Paul Grégoire. Il conserve cette charge jusqu'au lorsqu'il se retire pour limite d'âge. Il est alors remplacé par Christian Lépine.
Ayant participé au conclave de 2005 qui a élu Benoît XVI, il a qualifié ceci d'« expérience humaine et spirituelle unique ». Certains nationalistes québécois avaient souhaité qu'il devienne pape, mais il ne le voulait pas pour lui-même[réf. nécessaire]. Il participe aussi au conclave de 2013 qui élit le pape François.
Gravement malade, le cardinal Jean-Claude Turcotte est hospitalisé à la fin de l’été 2014. Son état de santé s’étant dégradé il est admis, le , dans une unité de soins palliatifs[3].
Commémorations, béatifications et canonisations sous son cardinalat
En tant qu'archevêque de Montréal, il préside la commémoration du 125e anniversaire de l'arrivée de la statue Notre-Dame de Liesse à l'église du Gesù en 2002, la cérémonie de béatification de mère Gamelin toujours en 2002 et le 300e anniversaire de la paroisse Sainte-Anne-de-Bellevue en 2003.
Opposition à l'avortement
Le , il renonce à son insigne de l'Ordre du Canada, parce que cette distinction allait être conférée à Henry Morgentaler, militant pour le droit à l'avortement[5],[6].
Abus sexuels
En 2020, l'ancienne juge de la Cour supérieure du Québec, Pepita G. Capriolo, est mandatée par Christian Lépine, l'archevêque de Montréal, dans le cadre de l'affaire du prêtre pédophile Brian Boucher. Elle enquête sur les responsabilités de l’archevêché de Montréal dans le dossier Brian Boucher. Son rapport de 280 pages démontre que le cardinal Jean-Claude Turcotte et l'évêque Anthony Mancini étaient informés depuis longtemps des comportements problématiques de Brian Boucher bien avant les premières plaintes pour abus sexuels envers un mineur qui ne dataient que de 2016[7].