En 2014, Jhonatan Cañaveral se distingue avec la sélection colombienne en obtenant deux podiums sur des étapes du Tour de l'Abitibi, manche de la Coupe des Nations Juniors (moins de 19 ans).
En 2016, il commence à courir en Espagne avec le club Telco'm-Ginex. Bon puncheur, il s'impose à deux reprises au Pays basque et obtient diverses places d'honneur. Ses bons résultats lui permettent d'intégrer l'équipe Wilier Triestina-Southeast en tant que stagiaire[1]. Il ne dispute cependant aucune course avec la formation italienne.