A General Synopsis of Birds (1781-1801) est son premier ouvrage d'ornithologie et contient 106 planches qu'il a toutes réalisées. Il décrit de nombreuses espèces nouvelles qu'il découvre dans divers cabinets de curiosités. Dans cet ouvrage, comme Buffon (1707-1788), il n'accorde pas d'importance aux noms des espèces qu'il cite. Plus tard, il se rend compte que seule l'utilisation du système linnéenbinomial assure une postérité à la description de nouvelles espèces. Il fait donc paraître en 1790, un Index Ornithologicus où il précise le nom binomial de toutes les espèces qu'il avait précédemment décrites. Mais cela arrive trop tard, Johann Friedrich Gmelin (1748-1804) avait fait paraître sa propre version du Systema Naturæ de Carl von Linné (1707-1778) où il nomme les espèces de Latham ; compte tenu des règles de nomenclature, Gmelin est prioritaire.
Le troisième ouvrage de Latham sur les oiseaux est General History of Birds (1821-1828) où il décrit de nombreux oiseaux de sa collection personnelle. Celle-ci a été perdue et la détermination précise des espèces est très malaisée. De plus, il n'emploie qu'en partie la dénomination binomiale.
Il entretient une correspondance régulièrement avec les naturalistes Thomas Pennant (1726-1798), Sir Joseph Banks (1743-1820), le collectionneur James Darcy Lever (1729-1788) et bien d'autres.