Il est également recteur de cette université pendant un an à partir de 1984.
Aujourd'hui présent dans le monde des affaires, il siège aux conseils d'administration de Galp Energia entre 2000 et 2005, de ZON Lusomondo, société d'audiovisuel, de 2003 à 2005, et participe, depuis 2007, à celui du groupe Panatlântica.
Vie politique
Au Portugal
En 1982, João de Deus Pinheiro est nommé secrétaire d'État à l'Administration scolaire dans le second cabinet de Francisco Pinto Balsemão, mais doit renoncer à ce poste l'année suivante.
Réélu à l'Assemblée de la République, cette fois-ci pour le district de Porto, lors des législatives anticipées de 1987, il est choisi comme ministre des Affaires étrangères le 18 août de cette même année. Au cours de son premier mandat, il se distingue notamment pour avoir participé à la négociation de l'accord de Brijuni, qui met fin à la guerre de Slovénie en 1991. Cette même année, il est réélu pour un troisième mandat parlementaire et conserve son portefeuille ministériel.
Il renonce à son mandat le . Dix-sept ans plus tard, il fait son retour dans la vie politique portugaise en étant élu député du district de Braga aux élections législatives du . Toutefois, il démissionne dès le 15 octobre, une demi-heure à peine après sa prise officielle de fonction[1].
Dans l'Union européenne
Le , il devient commissaire européen aux Relations avec le Parlement, la Culture et l'Audiovisuel. Il passe au portefeuille des Relations avec les pays d'Afrique, des Caraïbes et du Pacifique (ACP) deux ans plus tard, le . Il fait partie des commissaires mis en cause par le rapport des experts indépendants sur les affaires de fraude et de corruption à la Commission européenne et, dans ce cadre, doit démissionner avec ses autres collègues de la Commission présidée par jacques Santer en [2]. Il n'est pas reconduit lors de la formation de la commission Prodi.