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Le , l'empereur Guillaume II le nomme "Inspecteur général des Fortifications", en remplacement du général Colmar von der Goltz. Wagner s'attache à réorganiser les fortifications du Reich, en y joignant notamment les cuirassements blindés.
Le , il est victime d'une chute de cheval, lors d'une revue d’un bataillon du Génie à Königsberg. Il décède des suites de cet accident, le [5].
Hommages posthumes
Le Kaiser décréta un deuil de trois jours, pour tous les officiers du Génie, afin d'honorer sa mémoire[réf. nécessaire].
Les ordonnances impériales des 17 et donnèrent au fort d'Avigny, aujourd'hui Groupe fortifié l'Aisne, le nom de "Feste Wagner", en son honneur[6],[7],[8],[9],[10].
Famille
Sa fille Bertha Wagner (née le 20 décembre 1877 à Berlin et morte le 29 octobre 1955 à Uetersen) se marie le 29 décembre 1902 avec le juriste Richard Weyl(de)[11].