Depuis 1996, au vu des différences morphologiques, comportementales (chant), écologiques et génétiques, la Mésange des pinèdes (Baeolophus ridgwayi) jusqu'alors considérée comme l'une de ses sous-espèces, constitue une espèce distincte de la mésange unicolore[1].
La Mésange unicolore a longtemps été classée dans le genre Parus.
Baeolophus inornatus cineraceus Ridgway, 1883 était considérée comme une espèce à part entière, par Sibley et Monroe : Baeolophus cineraceus.
Plusieurs sous-espèces ne sont désormais plus reconnues : B. i. kernensis Grinnell & Behle, 1937 ; B. i. transpositus Grinnell, 1928 ; B. i. sequestratus Grinnell & Swalth, 1926.