Originaire de Saint-Nazaire, Maël Guégan grandit avec ses parents à Saint-Brevin-les-Pins[1]. Il prend sa première licence en 2008 à l'AC Brévinois[2], alors qu'il est âgé de dix ans. En plus du cyclisme, il a suivi des études scientifiques à la faculté de Nantes puis à l'université de Rennes 1, avec l'obtention d'une licence sciences de la vie en 2019[3].
Bon sprinteur, il se distingue en obtenant sept victoires chez les juniors (moins de 19 ans). Il s'impose notamment sur une étape des Trois Jours d'Axel, une course par étapes de niveau international. Après ses performances, il quitte son club formateur en 2017 pour intégrer la formation Sojasun espoir-ACNC[1]. Au mois de juin, il devient champion régional de Bretagne en deuxième catégorie[4].
En 2018, il remporte le Souvenir Louison-Bobet. Il continue ensuite à briller chez les amateurs en obtenant de nombreuses places d'honneur, en particulier dans le calendrier national[5]. En octobre 2019, il prend la neuvième place de Paris-Tours espoirs (moins de 23 ans).
Lors de la saison 2020, il gagne le Grand Prix de la Tomate. Il termine par ailleurs sixième du championnat de France espoirs et septième du championnat de France amateurs. À partir du mois d'aout, il est transféré dans la formation américaine Rally en tant que stagiaire[6]. Sous ses nouvelles couleurs, il se classe sixième de la première étape du Tour de Savoie Mont-Blanc et treizième de Paris-Chauny. On le retrouve également performant sur Paris-Tours espoirs, où il prend la neuvième place. Malgré ses résultats, il ne parvient pas à décrocher un contrat professionnel. Maël Guégan décide alors de poursuivre sa carrière au niveau amateur en rejoignant l'UC Nantes Atlantique en 2021[7].