D'après des calculs utilisant l'horloge moléculaire, la lignée menant aux Malpighiales se serait séparée des autres plantes il y a environ 99 millions d'années[2].
La phylogénie des Malpighiales est, à son niveau le plus profond, une polytomie non résolue de 16 clades. Il a été estimé que la résolution complète de la phylogénie nécessitera au moins 25 000 paires de bases de données de séquence d'ADN par taxon[5]. Une situation similaire existe avec les Lamiales et elle a été analysée en détail[6]. L'arbre phylogénétique présenté ci-dessous provient de Wurdack et Davis (2009). Le support statistique pour chaque branche est un pourcentage de bootstrap de 100 % et une probabilité a posteriori de 100 %, sauf indication contraire, avec un pourcentage de bootstrap suivi d'une probabilité a posteriori.
En 2012, Xi et al. réussi à obtenir un arbre phylogénétique plus résolu que les études précédentes grâce à l'utilisation de données provenant d'un grand nombre de gènes. Ils ont inclus des analyses de 82 gènes de plastes de 58 espèces (ils ont ignoré la problématique Rafflesiaceae), en utilisant des partitions identifiées a posteriori en appliquant un modèle de mélange bayésien. Xi et al. identifié 12 clades supplémentaires et trois principaux clades basaux[7],[8].
↑Shuguang Jian, Pamela S. Soltis, Matthew A. Gitzendanner, Michael J. Moore, Ruiqi Li, Tory A. Hendry, Yin-Long Qiu, Amit Dhingra, Charles D. Bell et Douglas E. Soltis, Resolving an Ancient, Rapid Radiation in Saxifragales, vol. 57, , 38–57 p. (PMID18275001, DOI10.1080/10635150801888871), chap. 1
↑Alexandra H. Wortley, Paula J. Rudall, David J. Harris et Robert W. Scotland, « How Much Data are Needed to Resolve a Difficult Phylogeny? Case Study in Lamiales », Systematic Biology, vol. 54, no 5, , p. 697–709 (PMID16195214, DOI10.1080/10635150500221028, CiteSeerx10.1.1.572.9568)
↑Z. Xi, B. R. Ruhfel, H. Schaefer, A. M. Amorim, M. Sugumaran, K. J. Wurdack, P. K. Endress, M. L. Matthews, P. F. Stevens, S. Mathews et C. C. Davis, « Phylogenomics and a posteriori data partitioning resolve the Cretaceous angiosperm radiation Malpighiales », Proceedings of the National Academy of Sciences, vol. 109, no 43, , p. 17519–24 (PMID23045684, PMCID3491498, DOI10.1073/pnas.1205818109, Bibcode2012PNAS..10917519X)
Liming Cai, Zhenxiang Xi, André M. Amorim, M. Sugumaran, Joshua S. Rest, Liang Liu et Charles C. Davis, « Widespread ancient whole-genome duplications in Malpighiales coincide with Eocene global climatic upheaval », New Phytologist, vol. 221, no 1, , p. 565–576 (PMID30030969, PMCID6265113, DOI10.1111/nph.15357)