L'amiralIsoroku Yamamoto reprit les idées de Minoru Genda pour l'attaque sur Pearl Harbor, accomplie le . Les deux hommes se connaissaient depuis 1933 lorsque Genda servait à bord du porte-avionsRyūjō. Ils se rencontrèrent au début du mois de février 1941 et Yamamoto lui proposa son plan. Genda avait déjà réfléchi à une attaque sur la base de Hawaï dès 1934 et en avait discuté avec Takijirō Ōnishi. Genda pensait que le secret et la surprise de l'attaque étaient les facteurs les plus importants pour la réussite de l'expédition. Il considérait que la mission était risquée mais pas impossible et commença à travailler sur les détails du plan. Genda était responsable de la préparation de l'attaque, en particulier de la mise en œuvre de nouvelles torpilles et de la coordination de l'opération.
L'attaque de Pearl Harbor fut couronnée de succès : les forces japonaises ne perdirent que 64 hommes, un sous-marin de croisière et cinq sous-marins de poche. Sur les 441 avions japonais disponibles, 350 prirent part à l’attaque et 29 furent abattus durant la bataille. Le plan audacieux de Yamamoto avait atteint ses objectifs, mais provoqua l'entrée en guerre de la première puissance industrielle du monde.