Egidy vient d'une famille(de) probablement d'origine néerlandaise qui a émigré au XVIIe siècle près d'Elbląg et a été anoblie par l'empereur Léopold Ier. Il est le fils aîné de Moritz von Egidy (père), militaire de carrière puis intellectuel chrétien, et de son épouse Luise von Götz.
lors de la bataille du Dogger Bank, le Seydlitz est le navire amiral du VizeadmiralFranz von Hipper ; le KonteradmiralFriedrich Lützow raconte ultérieurement dans ses récits comment, malgré un incendie dans la salle des machines et une explosion des munitions, le navire n'a pas sombré ;
à la bataille du Jutland, le Seydlitz coule le croiseur anglais HMS Queen Mary ; l'amiral Reinhard Scheer estime ensuite que le maintien du navire allemand est redevable du commandement von Egidy.
Vers la fin de la Première Guerre mondiale, Egidy est nommé à la tête de l'Académie navale de Mürwik. Après la guerre, âgé d’environ 50 ans seulement mais en raison des dispositions militaires du traité de Versailles, il quitte la Reichsmarine et vit dans sa ferme près de Flensbourg.
Après 1933, il rejoint le parti nazi, le NSDAP avec le no 3.549.077, et la SS avec le no 107.212. Il y fait une carrière rapide d’officier subalterne au quartier général du SD, entité chargée du renseignement intérieur et extérieur, alors sous la coupe de Reinhard Heydrich : en , il est Untersturmführer[b], le Obersturmführer[c], le Hauptsturmführer[d]. Egidy intervient au quartier général du SD ou pour l'agence de Gelting.
Son épouse Irmgard, militante chrétienne, très sceptique à l'égard des idéaux nationaux-socialistes, le convainc de faire un long voyage par bateau vers la Chine en 1936. À son retour Egidy, âgé de 66 ans, ne participe plus aux activités de la SS ; il meurt l’année suivante. Tous ses écrits militaires sont légués au musée maritime international de Hambourg.