La formation a réalisé un score remarquable lors de ce scrutin, en devenant la troisième force politique de l'Assemblée nationale et en obtenant une majorité absolue dans l'une des quatre assemblées provinciales. Malgré ce succès, l'alliance disparait dès 2007 en raison de divergences à propos du boycott des élections législatives 2008. La coalition s'est toutefois reformée dix ans plus tard pour les élections législatives 2018, mais réalise un score bien plus modeste.
Durant les élections législatives 2002, l'alliance réunit environ 3,3 millions de voix soit 11,3 % de l'électorat, et décroche 63 sièges à l'Assemblée nationale, soit 18 % des députés et devient la troisième force du pays[7].
Le MMA s'allie d'abord avec le président Pervez Musharraf, votant notamment une réforme constitutionnelle renforçant ses pouvoirs au détriment du Parlement[11], avant de le dénoncer en 2004 à cause de son soutien aux États-Unis et des opérations militaires menées contre les talibans, que le MMA estime plus vif que les réponses apportées aux besoins des Pakistanais. Le parti a d'ailleurs reçu un fort soutien dans les régions proches de l'Afghanistan principalement peuplées de Pachtounes[4].
En 2012, c'est toutefois Fazal-ur-Rehman qui dirige la Jamiat Ulema-e-Islam qui tente de relancer l'alliance, alors que la Jamaat-e-Islami refuse, critiquant notamment l'alliance de Rehman avec le gouvernement du Parti du peuple pakistanais[13]. En 2013, ces formations religieuses qui se présentent en ordre dispersé réalisent des scores très modestes (3,2 % des voix pour la plus importante).
L'alliance réalise toutefois un score bien plus modeste qu'en 2002, avec 15 députés élus à l'Assemblée nationale et 4,8 % des voix. Elle se place toutefois en seconde position à l'Assemblée du Baloutchistan avec dix députés provinciaux ainsi qu'à l'Assemblée de Khyber Pakhtunkhwa avec treize élus. L'alliance a en effet été concurrencée par l'emergence d'un nouveau parti islamiste plus radical, le Tehreek-e-Labbaik Pakistan. Lui-même défait dans les urnes et dénonçant des fraudes, le président du MMA Fazal-ur-Rehman propose un boycott des assemblées mais en est dissuadé par les autres dirigeants de l'alliance[17].