Le programme d'illumination de l'île n'avait pas été étudié en 1825 par Augustin Fresnel. C'est en 1838 qu'il est décidé d'implanter 5 phares de premier ordre pour ceinturer l'île. Le phare de Pertusato est le second après celui des îles Sanguinaires au sud-ouest. Il sera suivi de ceux de la Chiappa au sud, du phare de la Revellata à l'ouest et celui de la Giraglia au nord.
Phare actuel
Tour carrée de 21 m en pierres maçonnées, centrée sur un bâtiment rectangulaire. Le phare est automatisé depuis 1985.
Les Archives nationales conservent, sous la cote CP/F/14/17511/7, pièce 48 bis, un planche de 1839 comprenant un plan et un nivellement du phare de Pertusato, et, sous la cote CP/F/14/17511/10, cinq plans du phare de Pertusato élaborés de 1839 à 1852.