Pour son arrivée dans la catégorie des espoirs (moins de 23 ans), il rejoint en 2014 l'équipe EFC-Omega Pharma-Quick Step. En 2016, il est pris comme stagiaire au l'équipe World Tour Trek-Segafredo, mais il n'obtient pas de contrat professionnel. En 2017, il passe professionnel au sein de l'équipe Belge Sport Vlaanderen-Baloise[2]. En trois ans avec l'équipe, il décroche notamment son premier succès international lors du Tour de l'Eurométropole en [3].
Lors de la saison 2020, Allegaert rejoint l'équipe World Tour française Cofidis. En 2021, il participe pour la première fois à un grand tour avec le Tour d'Espagne[4] où il termine cinq étapes dans le top 10. En mai 2023, Cofidis annonce l'extension du contrat d'Allegaert jusqu'en fin d'année 2025[5].