Amnesty International a demandé une enquête indépendante sur des décès survenus dans la prison les 28 et [4], un incident parfois appelé le massacre d’Abou Salim[5]. Human Rights Watch estime que 1 270 prisonniers furent tués. Toutefois cette estimation est essentiellement basée sur le récit d’un seul ex-prisonnier[6],[7]. HRW appelle la prison un "site de violations flagrantes des droits de l’homme"[7]. Selon Omar Ashour, les gouvernements occidentaux ont largement ignoré ces violations et aucune enquête internationale ne fut diligentée pour des raisons liées aux "intérêts pétroliers"[8]. Le gouvernement libyen a expliqué que ces tueries eurent lieu au cours d’une confrontation entre forces gouvernementales et rebelles appartenant au Groupe islamique combattant en Libye et que 200 gardes de la prison trouvèrent également la mort à cette occasion[9].
Abu Sufian bin Qumu, un ancien membre du GICL, fut transféré de Guantanamo en Libye en 2007[11], et fut relâché de la prison d’Abou Salim en 2010 à la suite d'une amnistie appliquée aux prisonniers politiques[12].
Vidéos Youtube
Le , la Libye bloque l’accès à YouTube après que le site a mis en ligne des images montrant des manifestations à Benghazi de familles de détenus qui furent tués en 2006 dans la prison d’Abou Salim, ainsi que des vidéos de membres de la famille du dirigeant libyen, Mouammar Kadhafi, participant à des réceptions. Le blocage est en particulier critiqué par Human rights Watch[13].
Libération
Le , les insurgés de la guerre civile prétendirent à tort avoir libéré tous les prisonniers d’Abou Salim. Toutefois, les rebelles libérèrent la prison le . Parmi les détenus libérés figurait l’écrivain et journaliste américain de BaltimoreMatthew VanDyke, qui avait été capturé en à Marsa El Brega par les forces restées loyales à Kadhafi[14],[15].