La croisade livonienne (1203-1290), ensemble de campagnes d'évangélisation, de colonisation chrétienne, et de nettoyage ethnique au 13e siècle aboutit à l'établissement d'une Estonie danoise (1219-1346, ou Duché d'Estonie) et d'une Terra Mariana ou Confédération livonienne (1207-1561, Estonie et Lettonie actuelles).
Au 16e siècle, la Réforme protestante (1524) fait à peu près disparaître le catholicisme en Estonie vers 1558. En 1774, la Russie tolère un embryon de catholicisme dans la région, plutôt à destination des étrangers. En 1914, quatre prêtres ont en charge les 5 000 fidèles. La première indépendance permet le développement de l'église catholique dans le milieu germano-balte et polonais, puis tardivement à destination des Estoniens. Après les terribles années 1940-1980, une forme de normalité est à nouveau possible, pour les 5 700 catholiques (en 2003).
Le peuplement du Baltikum se caractérise au début du siècle par la présence d'une noblesse territoriale allemande. Ces barons baltes vont faire tout leur possible, notamment à la fin de la Première Guerre mondiale (Duché balte uni ou Grand-duché de Livonie), pour maintenir le pouvoir détenu à l'époque des chevaliers Porte-Glaive. Cette noblesse allemande est directement issue des nobles allemands qui se sont installés sur ces territoires durant le Drang nach Osten médiéval.
Le siècle est particulièrement chargé. Les organisations religieuses (églises, etc) ont participé aux différents événements et s'y sont affirmées.