Son père s'appelait Jacob Waksman et sa mère, Fradia London. Après avoir suivi des cours du soir, il part pour les États-Unis en 1910.
Il entre à l'automne 1911 au Rutgers College et obtient son B.Sc. en 1915. Il est alors employé comme assistant de recherche en bactériologie du sol par le professeur J.G. Lipman dans la New Jersey Agricultural Experiment Station tout en continuant ses cours. En 1916, il obtient la nationalité américaine puis passe son doctorat en biochimie en 1918 à l'université de Californie. Invité par le professeur Lipman, il retourne au Rutgers College comme microbiologiste. Il devient professeur assistant en 1925 puis est titularisé en 1930. Lorsque le département de microbiologie est créé en 1940, il en prend la tête. En 1949, il est nommé directeur de l'Institut de microbiologie et le restera jusqu'à sa retraite en 1958. Il se maria avec Deborah B. Mitnik (1895-1974), dont il eut un fils, Byron H. Waksman, lui aussi professeur de microbiologie (Yale University Medical School).
Selman Waksman fut nommé professeur honoraire en médecine, en sciences, en agriculture, en droit et en lettres par les universités de Liège, Athènes, Pavie, Madrid, Strasbourg, Jérusalem, Göttingen, Pérouse, Keiō (au Japon) et de plusieurs universités et collèges américains.
Ma vie avec les microbes [« My life with the microbes »] (trad. de l'anglais par Léon Rozenberg, préf. André George, Avec une préface et un chapitre final écrits pour la présente édition française), Paris, Albin Michel, coll. « Les savants et le monde », , 349 p. (BNF33219804)
(en) Biographie sur le site de la fondation Nobel (le bandeau sur la page comprend plusieurs liens relatifs à la remise du prix, dont un document rédigé par la personne lauréate — le Nobel Lecture — qui détaille ses apports)
Waksman est l’abréviation botanique standard de Selman Waksman.
