La maladie l'ayant tenu éloigné des terrains après le Grand Chelem de 1981, il n'en revint que plus fort pour mener son club à la victoire dans le championnat 1985 après trente-huit années de disette.
Il est ensuite directeur technique de Toulouse, et entraîneur, entre autres de l'équipe de Villefranche-de-Lauragais où évoluait encore Didier Codorniou.
Serge Ganernet devient entraîneur-adjoint du Castres olympique entraîné par Alain Gaillard qui sera demi-finaliste du championnat de France face au RC Toulon futur champion de France 1992.
Il est actuellement professeur d'éducation physique au lycée Pierre d'Aragon de Muret. Avant ça il était exerçait au collège Léo Ferré de Saint-Lys où il entraîna notamment Laetitia Salles, en section UNSS rugby, qui deviendra international française puis détentrice du record de sélections en équipe de France féminine de rugby à XV quelques années plus tard (92 sélections)[4].