Il fait son entrée dans la politique active en 1878, en se portant candidat à la députation sous les couleurs des républicains fédéralistes. Puis il exerce diverses responsabilités au sein du Parti républicain.
Lors des élections législatives du , il est élu député à Lisbonne, en même temps qu'une majorité de députés républicains. Le 4 octobre suivant, un soulèvement républicain, appuyé par les militaires, contraint le roi Manuel II à s'enfuir en Grande-Bretagne. La République est proclamée le lendemain et Teófilo Braga assume la présidence du gouvernement provisoire et les pouvoirs de chef de l'État jusqu'au , date à laquelle Manuel de Arriaga est élu premier président de la République. Braga demeure encore à la tête du gouvernement provisoire jusqu'à l'entrée en fonction de João Pinheiro Chagas comme président du Ministère le suivant.
Dans l'instabilité des premières années de la République portugaise, il est rappelé au pouvoir, après le coup d'État du 14 mai 1915 pour succéder à Arriaga comme président de la République à titre provisoire, avant d'être remplacé par Bernardino Machado, qui entre en fonction le de la même année.