Thomas Ziegler passe professionnel dans l'équipe Wiesenhof en 2003. Il évolue ensuite dans les formations Gerolsteiner de 2004 à 2005, puis T-Mobile de 2006 à 2007.
Au début de l'année 2008, à 27 ans, il met un terme à sa carrière et ouvre un commerce de cycles avec les coureurs Grischa Niermann et Roman Jördens à Hanovre[1]. Il intègre également l'organisation du critérium Die Nacht von Hannover[2].