Il 26 aprile 2012, Jenkins fu scelto a sorpresa come 30º assoluto nel corso del primo giro del Draft 2012 dai San Francisco 49ers[1]. Il 20 giugno, il giocatore firmò con la franchigia un contratto quadriennale del valore complessivo di 6,9 milioni di dollari[2].
Jenkins fece il suo debutto come professionista nella settimana 14 contro i Miami Dolphins senza ricevere alcun passaggio[3]. La sua prima stagione si concluse con 3 gare giocate, nessuna come titolare e senza ricezioni.
Kansas City Chiefs
Il 19 agosto 2013, Jenkins fu scambiato coi Kansas City Chiefs in cambio del ricevitore Jon Baldwin[4]. Con la squadra già sicura del posto nei playoff, nell'ultima gara della stagione partì per la prima volta in carriera come titolare terminando con 67 yard ricevute[5].