Repubblicano e antischiavista, Pena fu deputato dal 1878. Partecipò a diversi governi come ministro della Guerra, dell'Agricoltura e dei Lavori Pubblici. Nel 1888 fu membro della commissione che redasse il Codice Civile e nel 1892 fu governatore del Minas Gerais. Fu vicepresidente dal 1902 al 1906 con Francisco de Paula Rodrigues Alves, come sostituto del vicepresidente eletto Silviano Brandão.