La stagione 2005-06 degli Albuquerque Thunderbirds fu la 5ª nella NBA D-League per la franchigia.
Gli Albuquerque Thunderbirds arrivarono secondi nella NBA D-League con un record di 26-22. Nei play-off vinsero la semifinale con i Florida Flame (1-0), vincendo poi il titolo battendo nella finale i Fort Worth Flyers (1-0).