Sposò il 27 luglio 1889 la principessa reale Luisa, la figlia maggiore degli allora principe Edoardo e principessa Alessandra del Galles, nella cappella privata di Buckingham Palace. Erano cugini di terzo grado, in quanto entrambi discendenti di Giorgio III. Due giorni dopo il matrimonio la regina nominò Alexander Duca di Fife e Marchese di Macduff, nella contea di Banff, nei pari del Regno Unito.
La coppia ebbe tre figli:
Alastair Duff, marchese di Macduff (1890);
Lady Alexandra Duff (17 maggio 1891-26 febbraio 1959), sposò il cugino di primo grado, il principe Arturo di Connaught (13 gennaio 1883-12 settembre 1938), ebbero un figlio;
Nel dicembre del 1911 il duca e la sua famiglia navigavano verso l'Egitto sulla SS Delhi. Tuttavia la nave s'inabissò al largo della costa del Marocco, e i Duff rimasero per molte ore in acqua prima di essere tratti in salvo. Anche se né uscì illeso, il duca s'indebolì e presto si ammalò di pleurite. Morì a Assuan, in Egitto, il 29 gennaio 1912, e la sua figlia maggiore Alexandra gli successe nel titolo ducale, diventando II duchessa di Fife e contessa di Macduff nel suo pieno diritto. Il duca Alexander è stato sepolto nella cappella privata del mausoleo di Mar Lodge, a Braemar, nell'Aberdeenshire.