Nella stagione 1963-1964 il Messina disputa il campionato di Serie A, con 28 punti in classifica si piazza in quattordicesima posizione. Lo Scudetto tricolore va al Bologna che vince il torneo con 54 punti insieme all'Inter, per assegnare il titolo si rende necessario uno spareggio che è stato vinto (2-0) dai felsinei. Sono retrocesse in Serie B il Modena con 27 punti che ha perso (2-0) lo spareggio con la Sampdoria, entrambe hanno ottenuto 27 punti, la Spal con 24 punti ed il Bari con 22 punti.
Un girone di ritorno strepitoso del Messina con 20 punti ottenuti in 17 partite, permettono ai giallorossi di raggiungere una insperata salvezza, traguardo arrivato all'ultimo respiro con il prezioso pareggio conquistato a Modena (0-0) in quello che è stato uno spareggio anticipato. In Coppa Italia subito eliminati dal torneo con la sconfitta (3-1) subita a Catanzaro.
^Partita assegnata (0-2) a tavolino per lancio di oggetti sul terreno di gioco, sul campo era terminata (1-3).
^La nona giornata è stata interamente rinviata al 19 gennaio 1964, per permettere alla nazionale italiana di preparare al meglio l'incontro con l'URSS.